En 2019, un exfuncionario del Gobierno Regional denunció ante la Contraloría a Félix Allendes por haberse autoasignado una «función crítica» mientras ejercía como Administrador Regional. Según la denuncia, el 18 de abril de 2018, a través del Memorándum N° 87 emitido por el Jefe de la División de Administración y Finanzas, se solicitó el pago de esta asignación en base a una nómina aprobada por la intendenta. Además, se acusa que, como resultado de esta medida, a otros funcionarios se les redujo su asignación mensual en beneficio de Allendes.
Durante 2018, al asumir Allendes como administrador regional en marzo, la intendenta declaró «críticas» las funciones de su cargo y de otros tres jefes de división, conforme a la Ley N°19.882. Sin embargo, la Contraloría General de la República (CGR) no formalizó el nombramiento de Allendes hasta un año después, lo que imposibilitó procesar la asignación a través del sistema SIAPER en ese período.
Ante esta situación, se evidencia que Allendes y el exjefe de gabinete de la intendenta gestionaron vía correo electrónico la aprobación de la distribución de esta asignación, estableciendo que, aunque el presupuesto de 2018 permitía beneficiar solo a tres funcionarios, Allendes recibiría el pago mensualmente.
En su Oficio N° 6516/2019, la Contraloría determinó que era improcedente que el Gobierno Regional autorizara estos pagos de manera permanente y alternada entre Allendes y otros tres funcionarios.
Esta resolución llevó al denunciante a interponer un recurso de protección. Finalmente, en 2020, la Corte Suprema falló a favor del recurrente, obligando a la Intendencia Metropolitana a cumplir con el dictamen de Contraloría y pagar la asignación crítica adeudada.
Pese a estas irregularidades, entre enero y diciembre de 2019, bajo las instrucciones de la intendenta Karla Rubilar, Félix Allendes continuó recibiendo múltiples beneficios económicos, incluyendo asignaciones de función crítica, responsabilidad, horas extras y PMG, acumulando sumas significativas durante todo el año.
Recordemos que Félix Allendes ha estado en la palestra debido a que ha sido la mano derecha de Francisco Orrego, y por revelarse su sanción por falta a la probidad.