Después de entrar a la Unidad de Cuidados Intermedios del Hospital de la Católica, el sacerdote jesuita fue derivado desde Urgencias y sus familiares y amigos piden cadenas de oración para el clérigo.
Aldunate se ha destacado por defender intensamente los derechos humanos, convirtiéndose en una de las figuras de la iglesia Católica que en Dictadura se manifestó en contra de los tantos crímenes cometidos por miembros del régimen de facto.
El cura obrero y doctor en Moral, fue fundador del movimiento contra la Tortura Sebastián Acevedo en 1983, un grupo que se manifestaba pacíficamente en plazas públicas y en los frontis de recintos de detención de la CNI.
También ha participado en transformar la ex Villa Grimaldi llamado por la DINA como cuartel Terranova, en el Parque por la Paz que mantiene viva la memoria de quienes murieron y sufrieron torturas en el lugar.