Una reciente filtración de correos electrónicos sugiere que el exfiscal Manuel Guerra eliminó el cargo de cohecho en contra de los controladores de Penta, Carlos Délano y Carlos Lavín, a pesar de la recomendación de la Fiscalía Nacional de mantener dicha acusación. Esta modificación afectó de forma relevante el rumbo del caso, incluyendo el retiro del Consejo de Defensa del Estado (CDE) como querellante.
La Unidad Anticorrupción de la Fiscalía Nacional había recomendado en mayo de 2018 que el cargo de cohecho no fuera alterado, señalando en uno de sus mensajes que debería ser la justicia quien evaluara su validez. Sin embargo, Guerra reemplazó el cargo de cohecho por «enriquecimiento ilícito», lo que generó una reducción en la gravedad de la acusación.
Modificaciones adicionales a la acusación, como cambiar términos como «soborno» por «aporte económico», diluyeron el caso, limitando el alcance de la investigación y dificultando la labor de los querellantes. La actuación de Guerra ha cobrado relevancia en el contexto del Caso Hermosilla, donde las conversaciones entre el abogado Luis Hermosilla y el exfiscal sugieren posibles intervenciones en el Caso Penta.
Una querella reciente, impulsada por el abogado Mauricio Daza y la exdirectora del CDE María Inés Horvitz, acusa a Guerra de haber actuado en favor de los imputados y de haber mantenido contactos irregulares con Hermosilla, sugiriendo que sus decisiones podrían haber respondido a acuerdos informales para beneficiar a los acusados.